Журнал «Ботанический вестник Северного Кавказа» был учрежден ФГБУН Горным ботаническим садом ДНЦ РАН в 2013 году (первое свидетельство о регистрации СМИ ПИ № ФС 77-55933 от 07.11.2013 г.).

В 2020 году в связи с реорганизацией Дагестанского научного центра и сменой Учредителя журнала было получено новое свидетельство о регистрации СМИ ПИ № ФС 77-79583 от 7 декабря 2020 г. Учредитель - Дагестанский федеральный исследовательский центр РАН.

В 2020 году произошло изменение в периодичности журнала с четырех до двух выпусков в год.

В 2021 году в англоязычном названии журнала слово "Herald" было заменено на "Journal" - Botanical Journal of the North Caucasus.